而另一边，琴酒取走了宫野明美存放在酒店柜台的十亿日元。
午夜新闻，某酒店发生不明火灾，万幸没有人员伤亡。
数日后，和姐姐约定好见面的宫野志保发现了不对。
姐姐一直没有出现，宫野志保怀疑姐姐可能出事了。
因姐妹情深，组织却一直没有给她一个解释，因此宫野志保停止APTX4869的研究以示反抗。
不想被组织囚禁在毒气室，等待组织的处分，心灰意冷的宫野志保吞下偷藏的APTX4869自尽，却幸运地缩小，得以从毒气室的垃圾口逃出。
逃出组织的宫野志保去寻找相同遭遇的工藤新一，因体力不支晕倒在工藤家门前，被阿笠博士收留，化名为灰原哀，并得知柯南真实身份。后来她被博士送到帝丹小学1年B班就读，而后她成为了少年侦探团的一员。
而这期间，恰好琴酒并不在日子国。
由于朗姆的异议，琴酒带着冰酒去总部开会了。
而等琴酒开完会，回到日子国时，一个有代号的研究员，就这么活不见人死不见尸，神秘失踪了。
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